Hidrogen peroksida terhasil dalam manusia dan haiwan-haiwan lain sebagai bahan sampingan tindak-tindak balas biokimia dan berbahaya kepada sel.

Peroksisom, sejenis organel yang wujud di sel-sel makhluk eukariot,[9] menghasilkan hidrogen peroksida akibat tindak-tindak balas oksidatif oleh enzim-enzim peroksisom. Enzim katalase pada peroksisom menggunakan hidrogen peroksida yang terhasil untuk mengoksidakan substrat-substrat seperti alkohol dan fenol.

R ′ H 2 + H 2 O 2 ⟶ R ′ + H 2 O {\displaystyle {\ce {R'H2 + H2O2 -> R' + H2O}}}

Secara umumnya, enzim-enzim yang menguraikan hidrogen peroksida tergolong dalam satu kumpulan enzim iaitu peroksidase.